北京住房公积金贷款扣款的方式主要有以下几种：

一、委托银行代扣还款

这是最常见的一种方式，也是最方便的一种。借款人在申请公积金贷款时，可以与银行签订委托扣款协议，约定每月的还款日和还款金额。到了还款日，银行会自动从借款人的银行卡中扣除相应的款项，用于偿还公积金贷款。这种方式的优点是可以节省借款人的时间，避免因忘记还款而产生逾期罚息。

二、自助还款

借款人可以通过银行的自助终端设备或者网上银行进行还款。具体操作方法如下：

1. 登录银行的网上银行，选择“还款”功能，输入公积金贷款账号和还款金额，然后点击“确定”按钮，即可完成还款。

2. 使用银行的自助终端设备进行还款。将银行卡插入自助终端，选择“公积金还款”功能，输入公积金贷款账号和还款金额，然后按照提示操作，即可完成还款。

三、柜台还款

借款人可以直接到银行的柜台办理公积金贷款的还款业务。需要携带的材料包括身份证、公积金贷款合同、银行卡等。在柜台填写还款申请表，提交相关材料，银行工作人员会核对信息并办理还款手续。

四、第三方支付平台还款

部分银行支持通过支付宝、微信等第三方支付平台进行公积金贷款的还款。借款人需要在第三方支付平台上绑定公积金贷款的银行卡，然后在还款日前，通过第三方支付平台进行还款操作。

五、手机银行还款

随着移动互联网的发展，越来越多的银行推出了手机银行APP，借款人可以通过手机银行APP进行公积金贷款的还款。具体操作方法如下：

1. 下载并安装银行的手机银行APP，注册并登录。

2. 在手机银行APP上选择“还款”功能，输入公积金贷款账号和还款金额，然后按照提示操作，即可完成还款。

以上就是北京住房公积金贷款扣款的主要方式。借款人可以根据自己的实际情况和需求，选择合适的还款方式。需要注意的是，无论采用哪种还款方式，都要确保在还款日前足额还款，避免产生逾期罚息。同时，要妥善保管好相关的银行卡和身份证等证件，防止丢失或被盗用。